En mayo de 2007, el técnico Nelson Acosta decidió convocarlo para la Copa América 2007 tras su gran año 2006 en Colo-Colo y constante regularidad en el Villarreal, siendo este su primer torneo defendiendo los colores de la selección. El 27 de mayo de 2011, Fernández fue convocado por Claudio Borghi para la Copa América 2011 donde Chile fue ubicado en el Grupo C junto a México, camiseta argentina 2022 Perú y Uruguay.
