Los dirigidos de Borghi quedarían primeros en la Tabla General clasificándose para la Copa Sudamericana 2006. Colo-Colo ganó el Torneo Apertura 2006 frente a su archirrival Universidad de Chile, camiseta seleccion alemania mundial 2022 siendo Matías clave en el juego de ida (2-1) en el que convirtió los dos goles de su equipo. Fernández jugó 4 de los 6 partidos, todos ingresando desde la banca, estuvo 132 minutos en cancha y fue pieza clave en el primer título en la historia de la selección chilena.
