La bandera oficial del club comúnmente se iza en el mástil derecho del tablero marcador del estadio donde la Universidad de Chile hace de local, equipacion holanda acompañando a la bandera de Chile que va en el mástil central. El símbolo del club está inspirado en el chuncho (mochuelo patagón), que se remonta a la creación del Club Náutico Universitario, entidad que aportó con su emblema al Club Universitario de Deportes, cuando este se fundó en 1927. El origen del chuncho se debe a Pablo Ramírez Rodríguez, dirigente de natación y Ministro de Hacienda en 1945, camiseta manchester united 2022 23 quien trajo desde Alemania el diseño del emblema.
